Mustafa Kemal Samsun’a çıktıktan kısa bir süre sonra karargâhını 25 Mayıs 1919 tarihinde Havza ilçesine taşımış ve buradan ülke genelinde sivil ve askeri makamlara gönderilen bir genelge hazırlamıştır.
Mustafa Kemal’in karargâhını Havza’ya taşımasında Havza’nın daha içerde ve güvenli bir yer olması ayrıca Samsun’un İngilizlerin ve Pontusçu Rumların tehdidi altında olması etkili olmuştur.
Mustafa Kemal bu genelgeyle İzmir’in işgalinin tüm yurtta duyulmasını sağlamak ve böylece ulusal bilinci uyandırarak ulusu harekete geçirmek istemiştir. Genelgeye göre:
1) İzmir’in işgali, mitinglerle protesto edilmelidir.
Mustafa Kemal bu yolla hem milli bilincin uyanmasını sağlamayı hem de dünya kamuoyunun dikkatini çekmeyi amaçlamıştır.
2) Ordu terhis edilmemeli silahlar teslim edilmemelidir. Askeri alanda yeniden örgütlenilmelidir.
Bu madde Mustafa Kemal’in kendisine verilen 9. Ordu Müfettişliği görevini yerine getirmediğinin açık bir kanıtıdır.
3) İstanbul Hükûmeti’ne işgalleri kınayan telgraflar çekilmelidir.
4) Gerçekleştirilecek faaliyetlerde azınlıklara kesinlikle kötü muamelede bulunulmamalıdır.
Bu maddeyle Mustafa Kemal haklı konumdan haksız konuma düşmeyi engellemek istemiştir.
Mustafa Kemal Havza Genelgesi’yle Türk halkına direniş için çağrıda bulunmuş Mondros’un maddelerine açıkça karşı çıkmıştır.
Mustafa Kemal Havza Genelgesi’ni yayınladıktan sonra Amasya’ya gelerek bazı arkadaşlarıyla buluşmuş ve burada da bir genelge hazırlamıştır. Genelgede Mustafa Kemal’in dışında; Refet Bey, Rauf Bey, Ali Fuat Paşa’nın da imzası vardır. Öte yandan XV. Kolordu Komutanı Kazım Karabekir ve Konya’da bulunan 2. Ordu’nun komutanı Mersinli Cemal Paşa’da telgraf göndererek genelgeyi onayladıklarını bildirmişlerdir.
Mustafa Kemal Amasya Genelgesi ’ni halk tarafından tanınan ileri gelen kişi ve komutanlara imzalatarak genelgenin etkisini arttırmak, halka mal etmek ve kişisel davranmadığını göstermek istemiştir.
1) Vatanın bütünlüğü ve milletin bağımsızlığı tehlikededir.
Bu madde, Milli Mücadele’nin temel gerekçesidir. Ayrıca; bağımsızlığın tehlikede olması dolaylı olarak amacın da bağımsızlığı kurtarmak olduğunu göstermektedir.
2) İstanbul’daki Hükûmet baskı altında olduğundan üzerine aldığı sorumluluğun gereklerini yerine getirememektedir. Bu durum milletimizi yok olmuş gibi göstermektedir.
İstanbul Hükûmeti açıkça eleştirilmiştir. Ayrıca bu madde de Milli Mücadele’nin gerekçelerinden biridir.
3) Milletin bağımsızlığını yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır. 
Milli egemenlik fikri ilk defa üstü kapalı bir şekilde vurgulandı. Ayrıca Milli Mücadele’nin amacı ve yöntemi açıklanmıştır. Mustafa Kemal’in Türk milletine güvendiği ve mücadeleyi millete mal etmek istediği anlaşılmaktadır.
4) Milletin durumunu ve davranışını göz önünde tutmak ve haklarını dile getirip bütün dünyaya duyurmak için her türlü etki ve denetimden uzak milli bir kurulun varlığı çok gereklidir.
İlk defa Heyet-i Temsiliye’nin kurulması istenmektedir.
5) Anadolu’nun her yönden en güvenli yeri olan Sivas’ta milli bir kongre toplanmalıdır.
Sivas Kongresi’nin (ulusal bir kongre) toplanmasına karar verilmiştir.
6) Her sancaktan halkın güvenini kazanmış üçer delege kongreye katılmak üzere derhal yola çıkarılmalıdır.
Toplanacak olan kongrenin ulusal olacağı anlaşılmaktadır.
7) Delegelerin seçimi belediyeler, müdafaa-ı hukuk cemiyetleri ve redd-i ilhak cemiyetleri tarafından yapılmalıdır.
Mücadele yanlısı kişilerin katılması amaçlanmıştır.
8) Doğu illeri adına Erzurum’da bir kongre toplanacaktır. O güne kadar diğer il delegeleri de Sivas’a ulaşabilirse Erzurum kongresinin üyeleri de Sivas’ta yapılacak genel toplantıya katılmak üzere yola çıkarlar.
Doğu İlleri adına toplanacak olan kongre üyelerinin Sivas Kongresi’ne katılması amaçlanmıştır.
9) Her ihtimale karşı bu iş milli bir sır gibi tutulmalı ve delegeler gereken yerlere kimliklerini gizleyerek gelmelidirler.
Amasya Genelgesi mevcut düzene karşı çıkmasından dolayı ihtilal bildirgesi özelliğine sahiptir.
Amasya Genelgesi tüm yurtta büyük bir etki uyandırmış daha önce başlamış olan miting ve gösteriler hız kazanmıştır. İtilaf Devletleri Anadolu’daki gelişmelerden rahatsız olarak İstanbul Hükûmeti üzerine Mustafa Kemal’in geri getirilmesi için baskıda bulunmuşlar, İstanbul Hükûmeti de valilere gönderdiği emirlerle Mustafa Kemal’in görevine son verildiğini herhangi bir yetkisi olmayan bir kişinin isteklerinin yerine getirilmemesi gerektiğini belirtmiştir.
Mustafa Kemal’in 9. Ordu Müfettişliğinden ve Bütün Askeri Görevlerinden Ayrılması (7-8 Temmuz 1919)
Mustafa Kemal İstanbul Hükûmeti’ne oyalayıcı cevaplar vererek resmi görevinin imkânlarından daha fazla yararlanmaya çalışmıştır.
Mustafa Kemal’in görevinden ayrılması bazı kötü niyetli kişilerin faaliyetlerini kolaylaştırmış bu kişiler Mustafa Kemal’in emirlerine uyma zorunluluğundan kurtulmuşlardır.
Mustafa Kemal’in yeniden askerlik mesleğine dönüşü, Sakarya Muharebesi’nden önce verilen Başkomutanlık yetkisiyle gerçekleşmiştir.